1、发生环境不同：水华是指淡水水体中藻类大量繁殖的一种自然生态现象；而赤潮是海洋生态系统中的一种异常现象。
2、诱发因素不同：水华是水体富营养化的一种特征，主要由于生活及工农业生产中含有大量氮、磷的废污水进入水体后，蓝藻（严格意义上应称为蓝细菌）、绿藻、硅藻等藻类成为水体中的优势种群，大量繁殖后使水体呈现蓝色或绿色的一种现象。也有部分的水华现象是由浮游动物——腰鞭毛虫引起的；而赤潮是水体中某些微小的浮游植物、原生动物或细菌，在一定的环境条件下突发性地增殖和聚集，引起一定范围内一段时间中水体变色现象。
3、防护措施不同：防止赤潮发生的有效措施是防止营养物质污染，特别要控制氮、磷等营养元素大量进入水体；而水华的防控措施主要有打捞、絮凝除藻和生物控藻等。
